微生物及免疫學研究所教授皆為美、日、德、英等著名大學之博士，學有專精，涵蓋免疫學、病毒學、細菌學、分子生物學、實驗動物學及蛋白結構學。另外我們也有數位兼任教師，來自醫技系、小兒科、內科、外科、病理部以及國衛院，共同協助教學與研究及指導學生。本所學術研究的發展除鼓勵老師申請國科會、國衛院、衛生署、農委會等機構資助研究外，也瞭解到現今研究競爭激烈，技術發展一日千里，只憑各人力量實難有長遠發展，因此組成各種研究群，從不同的角度探討，整合各老師的專長，以增加研究經費的支助。現進行中的研究群及其目標如下：

1. 登革病毒研究群，登革病毒的感染已本土化，台灣本島已存在四型登革病毒，有可能爆發出血登革熱及登革休克徵候群 等致命性的臨床症狀，我們針對此病毒，從分子生物學、病毒學、免疫學及實驗動物學的觀點，想要瞭解它的感染，致病機轉，甚至疫苗的開發。

2. 細菌致病機轉研究群，如A群鏈球菌、困難梭狀芽孢桿菌等，從遺傳學、細菌學、傳染病學探討其致病機轉。

3. 癌症研究群，針對膀胱癌癌細胞病變過程、訊息傳遞以及基因治療做探討。

4. 生物活性物質研究群，針對天然物中，找尋免疫增強劑或其他活性物質，做為預防或治療用。

    另有對中藥健康食品效用之評估。

　　在研究成果上，研究論文發表是在國際著名的期刊，這也是帶動國內學術研究最重要的指標，但考慮到國內客觀環境的配合，尤其是研究經費的支助，勢必要挪出時間與人力從事解決國內本土性的問題或科技應用上的產品來發展。

　　教學與研究是相輔相成的，教學是教育學生昨天或今天的知識，唯有透過研究才能取得明天的知識，形成未來教學的基礎。透過指導研究生從事研究，教學相長，才能帶動學術研究。展望未來，政府對高等教育經費的投入無法增加，勢必影響本所的繼續發展，而生物科技又是未來的高科技產業之一，尤其是台南科學園區要發展農業生物科技，本所要永續發展，除了繼續延攬二位符合我們需求的教師，並鼓勵老師對自己有興趣的研究題目發揮自己的專長外，勢必要採用新的作法 - 結合全所的力量，選擇性重點發展，以團隊合作的方式，配合國家社會發展的契機，才能找出研究發展的出路。